在AI模擬蛋白質(zhì)取得了巨大突破后，一些人把目標(biāo)瞄準(zhǔn)了整個(gè)活細(xì)胞。

福布斯雜志最新介紹，有一家初創(chuàng)公司剛剛?cè)谫Y3000萬美元，用于構(gòu)建活細(xì)胞的AI模型。

這家公司名為Tahoe Therapeutics，目前估值達(dá)1.2億美元，他們開發(fā)了一種可擴(kuò)展的方法，能夠快速生成AI模型所需的關(guān)鍵生物數(shù)據(jù)，并利用這些數(shù)據(jù)尋找治愈癌癥的新方法。

該方法已取得重大進(jìn)展。

Tahoe的首席執(zhí)行官Nima Alidoust表示：公司目前針對”一種主要癌癥亞型”已研發(fā)出候選藥物，正在進(jìn)行美國食品藥品監(jiān)督管理局（FDA）要求的人體試驗(yàn)前研究。

數(shù)字化模擬活細(xì)胞

活細(xì)胞的數(shù)字化模擬是生物學(xué)領(lǐng)域中的一個(gè)“圣杯”問題。

如果AI能模擬單個(gè)癌細(xì)胞在不同情境下的行為特征，精準(zhǔn)預(yù)測癌細(xì)胞對各類藥物的反應(yīng)，借助這類技術(shù)，臨床醫(yī)師就能更快速地鎖定最有效的治療方案，腫瘤學(xué)的研究效率將獲得顯著提升。

Tahoe Therapeutics正致力于研發(fā)能運(yùn)行此類模擬的AI模型。

（該公司原名為Vevo Therapuetics，在2022年12月完成了一輪 1200 萬美元的種子輪融資，由于法律訴訟原因，公司名稱于今年4月從Vevo更改為Tahoe。）

針對數(shù)據(jù)量不足的問題，今年2月，Tahoe開源了Tahoe-100M數(shù)據(jù)集，包含1億個(gè)不同數(shù)據(jù)點(diǎn)，展示了不同種類的癌細(xì)胞與超過1000種不同分子相互作用時(shí)的反應(yīng)。

這種被稱為“擾動(dòng)”的數(shù)據(jù)類型對于訓(xùn)練AI模型至關(guān)重要——關(guān)于細(xì)胞如何對各種分子作出反應(yīng)的信息，能夠顯著提升算法預(yù)測細(xì)胞受其他分子影響的準(zhǔn)確性。

就在Tahoe發(fā)布其1億點(diǎn)數(shù)據(jù)集的幾個(gè)月后，非盈利研究機(jī)構(gòu)Arc Institute發(fā)布了一個(gè)開源的虛擬細(xì)胞模型State，該模型將Tahoe-100M作為其訓(xùn)練數(shù)據(jù)的一部分。

在基準(zhǔn)測試中，Arc發(fā)現(xiàn)該模型的準(zhǔn)確率是其他AI模型的兩倍，同時(shí)擊敗了之前擊敗過其他基礎(chǔ)模型的簡單機(jī)器學(xué)習(xí)程序。

此外，在今年6月，Tahoe與另一家AI初創(chuàng)公司Kepler AI合作，開發(fā)了一款為生物學(xué)家設(shè)計(jì)的AI agent——TahoeDive，它可以通過自然語言查詢和分析Tahoe-100M數(shù)據(jù)集，并結(jié)合更廣泛的科學(xué)文獻(xiàn)提供背景信息。

自TahoeDive開放Beta測試訪問以來，全球數(shù)百名研究人員已利用豐富的Tahoe-100M微擾數(shù)據(jù)集開展大規(guī)模并行分析，部分研究成果已發(fā)表于癌癥生物學(xué)頂級(jí)期刊。

令人驚訝的是，該公司在成立不到三年內(nèi)就構(gòu)建了Tahoe-100M這一數(shù)據(jù)集。

這得益于他們的Mosaic平臺(tái)：該平臺(tái)使Tahoe能夠從許多不同類型的患者、所有不同的器官中獲取細(xì)胞，然后將它們整合在一起，而傳統(tǒng)技術(shù)一次只測試一個(gè)個(gè)體的細(xì)胞。

公司CSO兼聯(lián)合創(chuàng)始人Johnny Yu解釋：“每當(dāng)我們運(yùn)行一個(gè)實(shí)驗(yàn)時(shí)，我們都在生成龐大的單細(xì)胞圖譜，它會(huì)顯示哪些藥物對哪些患者有效。”

Alidoust認(rèn)為，快速擴(kuò)展數(shù)據(jù)生產(chǎn)的能力是Tahoe公司與其他從事藥物發(fā)現(xiàn)AI的公司相比的“區(qū)別因素”。這也是該公司構(gòu)建虛擬細(xì)胞模型并利用這些模型尋找癌癥和其他疾病新療法的目標(biāo)的基礎(chǔ)。

在募集到新一輪的3000萬美元融資（由Amplify Partners領(lǐng)投）后，Tahoe現(xiàn)專注于構(gòu)建一個(gè)包含超過十億個(gè)單細(xì)胞數(shù)據(jù)點(diǎn)的數(shù)據(jù)集，以支持其自主研發(fā)的虛擬細(xì)胞模型。

憑借自有模型和專有數(shù)據(jù)，該公司正加速開發(fā)抗癌新藥。

團(tuán)隊(duì)介紹

Tahoe Therapeutics的核心團(tuán)隊(duì)由4位聯(lián)合創(chuàng)始人組成。

Nima Alidoust（右二），CEO，39歲，畢業(yè)于普林斯頓大學(xué)，曾是Good Chemistry Company的創(chuàng)始CEO和顧問（該公司后被SandboxAQ收購）。

Hani Goodarzi（左一），41歲，Alidoust在普林斯頓大學(xué)讀書時(shí)的同窗，UCSF（加州大學(xué)舊金山分校，全球頂尖的生物醫(yī)學(xué)研究機(jī)構(gòu)，尤其在癌癥、神經(jīng)科學(xué)、基因編輯和藥物開發(fā)領(lǐng)域處于世界領(lǐng)先地位）生物化學(xué)和生物物理學(xué)教授。

2022年，兩人重聚并商討創(chuàng)立一家開發(fā)虛擬細(xì)胞模型公司的構(gòu)想。Goodarzi指出，大規(guī)模數(shù)據(jù)采集將是這類企業(yè)的核心要素，因此他引薦了Johnny Yu加入團(tuán)隊(duì)。

Jonny Yu（左二），CSO，34歲，他在Hani Goodarzi的實(shí)驗(yàn)室工作期間，開發(fā)了Mosaic的基礎(chǔ)技術(shù)。

Kevan Shokat（右一），60歲，UCSF細(xì)胞與分子藥理學(xué)系的教授兼系主任，伯克利加州大學(xué)化學(xué)系教授，以及霍華德·休斯醫(yī)學(xué)研究所的研究員。

他是化學(xué)遺傳學(xué)領(lǐng)域的杰出人物之一，使用生物有機(jī)化學(xué)方法來闡明單細(xì)胞和整個(gè)生物體的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑，尤其專注于蛋白激酶研究，并開創(chuàng)了“Bump and hole”等方法以解析特定激酶的分子靶點(diǎn)。

2013年，Shokat團(tuán)隊(duì)通過分子錨定篩選技術(shù)，率先發(fā)表了針對KRAS G12C突變體的共價(jià)抑制劑研究成果。這一突破性進(jìn)展引領(lǐng)了行業(yè)風(fēng)潮，多家制藥巨頭隨后啟動(dòng)了KRAS靶點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃，并成功推進(jìn)至I/II期臨床試驗(yàn)階段，這是對曾經(jīng)被認(rèn)為“不可成藥”的癌基因的里程碑。