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用 NumPy 中的視圖來節省內存

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如果您使用 Python 的 NumPy 庫,通常是因為您正在處理占用大量內存的大型數組。為了減少內存使用,您可能希望盡量減少不必要的重復項。

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本文轉載自微信公眾號「Python中文社區」,作者Trauring。轉載本文請聯系Python中文社區公眾號。

如果您使用 Python 的 NumPy 庫,通常是因為您正在處理占用大量內存的大型數組。為了減少內存使用,您可能希望盡量減少不必要的重復項。

NumPy 有一個內置功能,可以在許多常見情況下透明地執行此操作:內存視圖。而且,此功能還可以防止數組被垃圾回收,從而導致更高的內存使用率。在某些情況下,它可能會導致錯誤,數據會以意想不到的方式發生變異。

為了避免這些問題,讓我們了解視圖的工作原理以及對代碼的影響。

預備知識:Python 列表

在查看 NumPy 數組和視圖之前,讓我們考慮一個有點相似的數據結構:Python 列表。

Python 列表與 NumPy 數組一樣,是連續的內存塊。當你對一個 Python 列表進行切片時,你會得到一個完全不同的列表,這意味著你正在分配一塊新的內存:

  1. >>> from psutil import Process 
  2. >>> Process().memory_info().rss 
  3. 12247040 
  4. >>> list1 = [None] * 1_000_000 
  5. >>> Process().memory_info().rss 
  6. 20463616 
  7. >>> list2 = list1[:500_000] 
  8. >>> Process().memory_info().rss 
  9. 24580096 

切片列表分配了更多內存。由于第二個列表是一個獨立的副本,如果我們改變它,這不會影響第一個列表:

  1. >>> list2[0] = "abc" 
  2. >>> print(list2[0]) 
  3. abc 
  4. >>> print(list1[0]) 
  5. None 

注意,復制到第二個列表中的數據是指向 Python 對象的指針,而不是對象本身的內容。因此,即使列表本身不同,底層對象仍然在兩者之間進行共享。

切片時 NumPy 數組并不進行復制

NumPy 數組的工作方式不同。因為假設您可能正在處理非常大的數組,所以許多操作不會復制數組,它們只是讓您查看原始數組指向的同一連續內存塊。

第一個結果是切片不會分配更多內存,因為它只是原始數組的視圖:

  1. >>> from psutil import Process 
  2. >>> import numpy as np 
  3. >>> arr = np.arange(0, 1_000_000) 
  4. >>> Process().memory_info().rss 
  5. 37810176 
  6. >>> view = arr[:500_000] 
  7. >>> Process().memory_info().rss 
  8. 37810176 

視圖對象看起來像一個 500,000 長的 int64 數組,因此如果它是一個新數組,它將分配大約 4MB 的內存。但它只是針對同一個原始數組的一個視圖,所以不需要額外的內存。

從技術上來說,可能會為視圖對象本身分配一小部分內存,但這可以忽略不計,除非您有很多視圖對象。在這種情況下,RSS(常駐內存)度量中沒有出現新內存,因為 Python 預先分配了更大的內存塊,然后用小的 Python 對象填充這些塊。

視圖導致內存泄漏

使用視圖的后果之一是您可能會泄漏內存,而不是節省內存。這是因為視圖可以防止原始數組被垃圾回收 - 對整個數組來說。

假設您已經決定只需要使用大數組的一小部分:

  1. >>> import numpy as np 
  2. >>> from psutil import Process 
  3. >>> arr = np.arange(0, 100_000_000) 
  4. >>> Process().memory_info().rss 
  5. 830181376 
  6. >>> small_slice = arr[:10] 
  7. >>> del arr 
  8. >>> Process().memory_info().rss 
  9. 830111744 

如果這是一個 Python 列表,刪除原始對象將釋放內存。然而,在這種情況下,即使我們沒有對數組的直接引用,視圖仍然可以起作用,這意味著內存沒有被釋放,即使我們只對其中的一小部分感興趣。

您實際上可以通過視圖訪問原始數組:

  1. >>> small_slice 
  2. array([0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9]) 
  3. >>> small_slice.base 
  4. array([0, 1, 2, ..., 99999997, 99999998, 99999999]) 

結果,只有當我們刪除所有視圖時,原始數組的內存才會被釋放:

  1. >>> del small_slice 
  2. >>> Process().memory_info().rss 
  3. 29642752 

其他改變

使用視圖的另一個后果是修改視圖會改變原始數組。回想一下,對于 Python 列表,修改切片結果不會修改原始列表,因為新對象是一個副本:

  1. >>> l = [1, 2, 3] 
  2. >>> l2 = l[:] 
  3. >>> l2[0] = 17 
  4. >>> l2 
  5. [17, 2, 3] 
  6. >>> l 
  7. [1, 2, 3] 

使用 NumPy 視圖后,改變視圖確實改變了原始對象,它們都指向同一個內存地址:

  1. >>> arr = np.array([1, 2, 3]) 
  2. >>> view = arr[:] 
  3. >>> view[0] = 17 
  4. >>> view 
  5. array([17,  2,  3]) 
  6. >>> arr 
  7. array([17,  2,  3]) 

這個結果不是我們想要的!

由于某些 NumPy API 可能會根據情況返回視圖或副本,因此更有可能發生意外變化。例如,某些切片結果可能不是視圖:

  1. >>> arr = np.array([1, 2, 3]) 
  2. >>> arr2 = arr[:] 
  3. >>> arr2.base is arr 
  4. True 
  5. >>> arr3 = arr[[TrueFalseTrue]] 
  6. >>> arr3.base is arr 
  7. False 

改變 arr2 也會改變 arr,但改變 arr3 不會改變 arr。

使用 copy() 進行顯式復制

當您不想引用原始內存時,顯式復制允許您創建一個新數組。這對于防止改變很有用,并且在您不想將原始數組保留在內存中的情況下也很有用:

  1. >>> arr = np.arange(0, 100_000_000) 
  2. >>> Process().memory_info().rss 
  3. 829464576 
  4. >>> small_slice = arr[:10].copy() 
  5. >>> del arr 
  6. >>> Process().memory_info().rss 
  7. 29700096 
  8. >>> print(small_slice.base) 
  9. None 

在這種情況下,刪除 arr 釋放了內存,因為 small_slice 是副本,而不是視圖。

要點:高效安全地使用視圖

鑒于各種 NumPy API 會自動返回視圖,您需要在編寫代碼時考慮它們: 

  • 在文檔中注意 API 是否會返回視圖、副本或兩者。
  • 如果您想從內存中清除一個大數組,請確保不僅沒有直接引用它,而且沒有引用它的視圖。
  • 如果你要改變一個數組,確保它不會因為它實際上是一個視圖而意外改變其他一些數組。
  • 如果您不需要視圖,請使用 copy() 方法。

 

責任編輯:武曉燕 來源: Python中文社區
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